Auf dem an der schmalsten Stelle von Kreta gelegenen Hügel siedelten wohl schon in der Jungsteinzeit Menschen. Ab 2700 v. Chr. ließen sich hier die ersten Minoer nieder und gründeten eine Siedlung, deren ursprünglichen Namen wir nicht kennen. Es sollte dann aber noch mehr als 1000 Jahre dauern, bis die kleine Stadt, die sich um ein palastähnliches „Herrenhaus“ gruppiert, die Ausdehnung erreicht hatte, wie wir sie heute vorfinden. Die Lage war gut gewählt. Hier konnten die Menschen von Landwirtschaft, Viehzucht und Fischerei gut leben. Und von hier aus konnte man Handel mit Städten in Afrika treiben und Waren relativ einfach auf dem Landweg an die Südküste Kretas bringen.
Die momentan sichtbaren Grundmauern stammen aus der Neupalastzeit (17. bis 15. Jh. v. Chr.). Um 1450 v. Chr. wurde Gournia, wie übrigens auch alle anderen minoischen Niederlassungen und Paläste, wahrscheinlich durch kriegerische Auseinandersetzungen zerstört. Für etwa 50 Jahre blieb die Siedlung dann verlassen. Zwar finden sich für die Zeit danach einige Spuren minoischer und mykenischer Besiedelung, um 1200 v. Chr. wurde Gournia dann aber endgültig zerstört.
Die kleine minoische Stadt wurde planmäßig an den Hängen eines niedrigen Hügels errichtet. Noch heute sind die gepflasterten Straßen gut erkennbar. Es gab eine Ringstraße, von der zahlreiche kleine Gassen und Treppen abzweigten, die die Wohn- und Werkstattviertel erschlossen. Eine der Straßen führte zum nahegelegenen Hafen.
Das größte und luxuriöseste Gebäude der Stadt, wahrscheinlich Verwaltungszentrum und Residenz des Stadtoberhauptes, befindet sich auf der oberen Plattform. Im Erdgeschoss dieses palastähnlichen Baus waren der Thronsaal, der an drei Seiten von Sitzbänken umgeben war, Lagerräume und Baderäume, im Obergeschoss weitere Wohnräume, Arbeitsräume und ein Archiv untergebracht.
Vor dem Palast öffnete sich ein großer, rechteckiger Hof, der als das Zentrum der Stadt fungierte und wo wahrscheinlich religiöse Zeremonien und Feiern stattfanden.
An der Südseite des Palastes, dem Hof zugewandt, befindet sich eine L-förmige Treppe, auf der – ähnlich wie bei den Schautreppen bei den großen minoischen Palästen - Menschen saßen, um den Zeremonien beizuwohnen.
Nahe der westlichen Außenmauer des Palastes fand man einen aufrechtstehenden Stein, den man für einen heiligen Stein (Bätyle) hält. In der Nähe befindet sich ein Steinblock mit einem eingeritzten Doppelaxtsymbol.
Zwischen den eng beieinander stehenden Häusern winden sich schmale, gepflasterte Gassen.
Von den Wohnhäusern, die übrigens schon über eine Kanalisation verfügten, sind nur noch die Erdgeschosse bzw. Kellerräume sichtbar. Diese als Lagerräume und Werkstätten genutzten Räume wurden aus Steinen oder gebrannten Ziegeln auf Steinfundamenten errichtet. Sie dürften auch Fenster gehabt haben. Die Böden bestanden aus gestampftem Lehm oder Pflastersteinen. Die Häuser verfügten über ein oder mehr mit Lehmziegeln gebauten Obergeschosse. Einige Häuser besaßen eine Steintreppe, die direkt von der Straße in den ersten Stock führte, wo sich die Hauptwohnräume befanden. Die Funde aus verschiedenen Häusern (Tongefäße, Meißel, Angelhaken, Hämmer, Töpferscheiben, Weinpresse, Steintiegel usw.) geben ein klares Bild vom Alltag der Bewohner und bestätigen die Anwesenheit von Bauern, Hirten, Fischern, Webern, Schmieden und Töpfern.
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