Der Militärhafen von Phalasarna ist nach phönizischem Vorbild wahrscheinlich im 5. Jahrhundert v. Chr. errichtet worden. Es handelt sich dabei um ein aus dem Küstenfelsen herausgehauenen Hafenbecken, das durch zwei Kanäle mit dem Meer verbunden war. Das ca. 100 m lange und 75 m breite Hafenbecken (Kothon) war von allen Seiten mit Kais und Festungsmauern mit 4 Türmen umringt. Die durch das Erdbeben im 4. Jh. n. Chr. verursachte Verlandung des Hafens führte dazu, dass das Gelände in der Folge nicht mehr überbaut wurde. Den Ausgräbern bietet sich daher die einmalige Gelegenheit, das Design einer antiken Hafenanlage und die dazugehörigen architektonischen Details näher in Augenschein nehmen zu können.
Bislang wurden die Überreste von Türmen, Teilen der Befestigungsmauer und Bastionen, der Kaimauer des Militärhafens und einer Zisterne freigelegt. Zu den bemerkenswerten Funden im Hafengebiet gehören öffentliche Straßen, Brunnen, Lagerhäuser, ein Altar und Bäder. Am Fuß der Akropolis fand man die Fundamente eines Kaufmannshauses. Bei Rettungsgrabungen im Bereich der Nekropole konnten über 70 Gräber freigelegt werden. Dabei handelt es sich teils um Bestattungen in Pithoi, teils um Steinkistenbestattungen. Im Bereich des Friedhofs steht ein aus Stein gemeißelter, ca. 2 Meter hoher Thron, der vielleicht der phönizischen Göttin Astarte geweiht war.
Das ehemalige Hafenbecken (Kothon) war 100 m lang und 75 m breit. Durch ein Erdbeben im 4. Jh. n. Chr. und der damit verbundenen Hebung der Landmasse wurde das Becken trockengelegt.
Das Hafenbecken war durch einen Kanal, der mit einer Kette gesperrt werden konnte, in Richtung Westen mit dem Meer verbunden.
Türme waren Teil der Befestigungsanlagen. Einer davon war kreisförmig. Er ist bis zu einer Höhe von 4,5 m erhalten. Auffallend ist die charakteristische abgerundete Form an einer Stelle, an der sich das Fundament verengt.
Andere Türme sind rechteckig.
Bei der Straße zur Akropolis befindet sich ein Raum voller Wannen.
Zisterne
Ein Abschnitt des Kais am Militärhafen. Die dort freigelegten Poller weisen Spuren von festgemachten Schiffen auf.
Der Thron, der vielleicht der phönizischen Göttin Astarte geweiht war.
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